設定ファイルを新たに追加するには、fuel/app/config/に Arrayを返すPHPファイルを置きます。

以下、ページングの件数の共通設定を追加してみた例です。

fuel/app/config/paging.php

<?php 
return array(
	'per_page' => 20,
);

設定の読み込みは Config::load メソッドを呼び出す必要があります。

Config::load('paging');

全体で利用する設定の場合は fuel/app/bootstrap.php に追加してしまって良い気がします。

設定値の読み込みは Config::get メソッドを使います。

Config::get('paging.per_page')

公式ドキュメント: Config Class