FuelPHP用のphpcsは以下のGithubリポジトリから取得する。
https://github.com/eviweb/fuelphp-phpcs

クローンして Standards/FuelPHP ディレクトリを
Applications/MAMP/bin/php/php5.4.4/lib/php/PHP/CodeSniffer/Standards にコピー

$ git clone https://github.com/eviweb/fuelphp-phpcs.git
$ cd fuelphp-phpcs-master/Standards
$ sudo cp -r FuelPHP/ /Applications/MAMP/bin/php/php5.4.4/lib/php/PHP/CodeSniffer/Standards/

PHP Code Snifferプラグインの設定を変更する。

Preferences > Package Settings > PHP Code Sniffer > Settings – User

   "phpcs_additional_args": {
    //    "--standard": "PEAR",
        "--standard": "FuelPHP",
        "-n": ""
    },