私は普段英語版を使っているのでウィンドウ/パースペクティブの名前は英語で記述しています。

ナビゲーション

Open Resource (Ctrl + Shift + R)

Javaクラスに限らずワークスペース上の任意の種類のファイルを対象に検索したいときには Open Resource が便利です。
ワークスペース上のファイルを開く

Open Type (Ctrl + Shift + T)

Java SDK ライブラリやビルドパスに含まれるライブラリも含めてJavaのクラス/インタフェースを検索したいときには Open Type を使います。
クラス/インタフェースを検索 width=

任意のメンバーにジャンプ (Ctrl + O / Command + O)

現在開いているクラスのアウトラインを表示して、メンバー(メソッド/フィールド)にジャンプできます。
アウトラインを表示

関連するショートカット

  • 前のメンバーにジャンプ (Ctrl + Shift + Up / Ctrl + Alt + Up)
  • 次のメンバーへジャンプ (Ctrl + Shift + Down / Ctrl + Alt + Down)

クラス階層を表示 (Ctrl + T / Command + T)

現在開いているクラスのクラス階層を表示します。
クラス階層の表示
関連するショートカット

  • Type Hierarchy パースペクティブを開く (F4 / Fn + F4)

Call Hierarchy パースペクティブを開く (Alt + Shift + H)

現在選択されているクラス/フィールド/メソッドの呼び出し階層を Call Hierarchy パースペクティブに表示します。

指定行にジャンプ (Command + L)

メニュー

Refactor メニューを開く (Alt + Shift + T / Alt + Command + T)

Source メニューを開く (Alt + Shift + S / Alt + Command + S)

エディター編用

コメントアウト (Ctrl + / / Command + /)

現在の行を削除 (Ctrl + D / Command + D)

実行 / デバッグ

Run (Ctrl + F11 / Shift + Command + Fn + F11)

Debug (F11 / Shift + Command + Fn + F11)

参考リンク

10 Eclipse Navigation Shortcuts Every Java Programmer Should Know
“Right Click” keyboard short cut for Eclipse?