FuelPHPでは、config直下と同じ設定が環境ごとの設定にある場合上書きされます(参照:環境と設定)。
なので、例えば development でのみ log_threshold を info にしたいときは、config/development に config.php を作成して、以下を記述すれば適用されます。

return array(
	'log_threshold'    => Fuel::L_INFO,
);